Murphy, K., et Mian, S. (1999). Modélisation des données d`expression génique à l`aide de réseaux bayésiens dynamiques. Rapport technique, Université de Californie à Berkeley. Les légumineuses ont joué un rôle central dans le développement de l`agriculture et de la civilisation, et représentent aujourd`hui environ un tiers de la production de cultures primaires au monde. Malheureusement, la plupart des légumineuses cultivées sont des systèmes modèles pauvres pour la recherche génomique. Par conséquent, Medicago truncatula, qui a un génome diploïde relativement petit, a été adopté comme une espèce modèle pour la génomique des légumineuses. Pour améliorer sa valeur en tant que modèle, nous avons généré un Atlas d`expression génique qui fournit une vision globale de l`expression des gènes dans tous les principaux systèmes d`organes de cette espèce, avec un accent particulier sur le nodule et le développement des semences. L`Atlas révèle des différences massives d`expression génique entre les organes qui s`accompagnent de changements dans l`expression de gènes régulateurs clés, tels que les gènes de facteur de transcription, qui orchestrent vraisemblablement la reprogrammation génétique au cours du développement et Différenciation. Il est intéressant de noter que de nombreux gènes spécifiques aux légumineuses sont exprimés préférentiellement dans les nodules fixateurs d`azote, ce qui indique que l`évolution les a dotés de rôles spéciaux dans cet organe unique et important. L`analyse comparative du transcriptome de Medicago contre Arabidopsis a révélé une divergence significative dans les profils d`expression développementale des gènes orthologues, ce qui indique que l`analyse phylogénétique seule est insuffisante pour prédire la fonction de orthologarithmes chez différentes espèces. Les données présentées ici représentent une ressource inégalée pour la génomique fonctionnelle des légumineuses, qui accélérera les découvertes en biologie des légumineuses.

Shapiro, E., Biezuner, T., et Linnarsson, S. (2013). Les technologies de séquençage à cellule unique révolutionneront la science des organismes entiers. NAT. révérend Genet. 14, 618 – 630. doi: 10.1038/nrg3542 transcriptomics offre un moyen complet d`étudier les changements d`expression de tous les gènes d`un organisme dans des conditions différentes (par exemple, examinés par Jenner et Young, 2005; Kammenga et coll., 2007; Leroy et Raoult, 2010). Traditionnellement, les microarrays ont été appliqués pour la transcriptomique. Depuis l`avènement de la prochaine génération de séquençage des cDNAs dérivés d`échantillons d`ARN (ARN-SEQ), les chercheurs sont capables d`étudier les transcriptomes avec une sensibilité plus élevée et des gammes de détection illimitées (mardis, 2008; Wang et coll., 2009). L`un des avantages de l`ARN-SEQ sur les microarrays est que l`ARN-SEQ offre une plate-forme indépendante des espèces qui permet d`enquêter sur des espèces non-modèles.

Alpha (Chao1 index et Shannon Entropy) et la diversité bêta [UniFrac-(Lozupone et al., 2011) et Bray – Curtis dissimilitudes] ont été calculés à l`aide du paquet Phyloseq (McMurdie et Holmes, 2014) de la suite logicielle R.

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